Es una planta medicinal, una de las varias especies de Cinchona utilizadas para la producción de quinina, que es un agente contra la fiebre. Es especialmente útil en la prevención y tratamiento de la malaria. Cinchona calisaya es el árbol más cultivado para la producción de quinina.

La quina es un medicamento febrífugo, tónico y antiséptico. Se emplea principalmente como tónica en forma de polvo, extracto, tintura, jarabe, vino, etc.; y al exterior en infusión o cocimiento para el lavado de heridas y úlceras.